Ejercicio Extra¶
SOM para estudiar comunidades microbianas¶
Los mapas auto-organizativos resultan ser una herramienta muy eficaz para detectar estructuras en poblaciones, en particular, en comunidades microbianas [Bowman et al., 2017]. El problema de la detección de comunidades en poblaciones de bacterias es arduo ya que depende de múltiples atributos interrelacionados.
Como hemos visto, SOM facilita la reducción de la dimensión mediante la agregación bidimensional de la información de la población.
Utiliza el paquete kohonen de R para estudiar la segmentación en comunidades de la población de bacterias a partir de los genomas estimados y completados más próximos, información disponible en el fichero de datos: community_structure.csv que se puede descargar en el Moodle de la asignatura.
Puedes empezar con un SOM similar al aplicado en la sección anterior de dimensiones 5×5. A partir de las representaciones obtenidas mediante el entrenamiento del mapa, discute la segmentación del ecosistema bacteriano.