Cadenas de Markov¶
En este capítulo veremos como modelizar secuencias biológicas mediante modelos de Markov. En particular estamos interesados en predecir la estructura secundaria de proteínas a través de un modelo oculto de Markov. Este capítulo está basado en el trabajo [Asai et al., 1993].
Práctica¶
En la primera práctica veremos cadenas de Markov como modelos de secuencias.
En la segunda buscaremos la predicción de estructuras secundarias en proteínas.
Objetivos¶
Parametrizar cadenas de Markov mediante secuencias genéticas.
Analizar e interpretar las distribuciones de equilibrio.
Calcular la secuencia más probable en una cadena de Markov.
Utilizar secuencias de aminoácidos con estructuras secundarias anotadas para parametrizar un modelo de Markov oculto.
Predecir estructuras secundarias a partir del conjunto de entrenamiento.